Το μεγαλύτερο τμήμα των τειχών και αρκετά κτήρια της πόλης αποκαλύφθηκαν με τις ανασκαφές του Δημήτρη Λαζαρίδη και του Ευστάθιου Στίκα υπό την αιγίδα της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας αρχικά (1959-1983), και του Χαράλαμπου Μπακιρτζή αργότερα (1988-98) και πιο περιορισμένων ανασκαφών, σωστικού κυρίως χαρακτήρα, της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας κατά διαστήματα έως και σήμερα. Από το 2019 η ΕΦΑ Σερρών σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Πατρών υπό τη διεύθυνση της Δημητρίας Μαλαμίδου και του Δημήτρη Δαμάσκου ανέσκαψε σε σημεία στην ακρόπολη, επικεντρώνοντας όμως το ενδιαφέρον στον χώρο δυτικά της Βασιλικής Γ. Η ανασκαφή πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο πενταετούς ερευνητικού προγράμματος (2019-2023), το οποίο ολοκληρώθηκε μετά και τη διετή παράτασή του το 2025.
Στην περιοχή της ακρόπολης οι ανασκαφές έφεραν στο φως τα τείχη που περιβάλλουν την ακρόπολη κατά τις διαφορετικές φάσεις της πόλης. Τα κλασικά τείχη της ακρόπολης περιέκλειαν μια έκταση στο υψηλότερο σημείο των λόφων στους οποίους απλωνόταν η πόλη. Η έκταση αυτή περιορίσθηκε από δυσμάς αρχικά κατά τα ρωμαϊκά χρόνια με την κατασκευή νέου σκέλους της οχύρωσης. Περαιτέρω σημαντική συρρίκνωση επήλθε αργότερα, με την ανέγερση της υστερορωμαϊκής οχύρωσης που περιβάλλει τις Βασιλικές. Για την ανέγερση αυτών των μνημείων έχει χρησιμοποιηθεί οικοδομικό υλικό από προγενέστερα κτήρια που βρίσκονταν στον περιβάλλοντα χώρο.
Τα ορατά σήμερα εντοιχισμένα spolia υποδεικνύουν την ύπαρξη μεγάλων κτισμάτων. Θεωρείται βέβαιη η προέλευσή τους από δημόσια κτήρια που θα υπήρχαν στην κεντρική αυτή περιοχή της αρχαίας πόλης. Επίσης, για την οικοδόμηση τουλάχιστον της Βασιλικής Α, χρησιμοποιήθηκε οικοδομικό υλικό κυρίως από ένα δωρικό κτήριο. Σφόνδυλοι κιόνων βρίσκονται εντοιχισμένοι στους τοίχους της Βασιλικής, και άλλα αρχιτεκτονικά μέλη, όπως επιστύλια, τρίγλυφα και μετόπες, αλλά και βάθρα, ενεπίγραφα και μη, βρίσκονται εντοιχισμένα στο υστερορωμαϊκό τείχος, ή κείνται στο έδαφος. Επιπλέον, στην περιοχή της ακρόπολης, εκτός της παλαιοχριστιανικής οχύρωσης, ανασκάφτηκαν εν μέρει τμήματα υστερορωμαϊκών οικιών, μία έπαυλη με ψηφιδωτά σε άμεση γειτνίαση με ένα μνημειώδες κτήριο το οποίο ερμηνεύθηκε ως ιερό των Αιγυπτίων θεοτήτων ή ως το ρωμαϊκό γυμνάσιο της πόλης, καθώς και τμήματα κλασικών οικιών.
Κύρια πορίσματα της έρευνας των ερευνών από το 2019 και έκτοτε στην ακρόπολη είναι:
Η αποκάλυψη μεγάλου τμήματος ναού, η ανοικοδόμηση του οποίου χρονολογείται στα μέσα του 4ου αι. π.Χ., με βάση την πρωιμότερη κεραμική που βρέθηκε στο εσωτερικό του. Το υπόλοιπο του κτηρίου βρίσκεται κάτω από τη Βασιλική Γ ή καταστράφηκε κατά την ανοικοδόμηση της Βασιλικής. Δυτικά και κατά μήκος του ναϊκού οικοδομήματος ανασκάφτηκαν υπολείμματα κτισμάτων, ένα εκ των οποίων έχει μνημειακή όψη με ένα πρόπυλο. Τα κινητά ευρήματα παραπέμπουν σε λατρεία (κεραμική, ειδώλια, όστρεα, ζωικά οστά), ενώ στα ρωμαϊκά χρόνια εντοπίζεται και εργαστηριακή δραστηριότητα στον ίδιο χώρο.
Τα ευρήματα, σε συσχετισμό με ορισμένα που βρέθηκαν παλιότερα στις επιχώσεις της Βασιλικής Γ, παραπέμπουν σε λατρεία γυναικείας θεότητας. Παρά την έλλειψη επιγραφής που θα τεκμηρίωνε χωρίς αμφιβολία την ταύτιση, η πιθανότητα να πρόκειται για το ιερό της σημαντικότερης θεότητας της Αμφίπολης, της Άρτεμης Ταυροπόλου, είναι μια πολύ ισχυρή πιθανότητα.
Βόρεια της εισόδου του ναού κατά τα αυτοκρατορικά χρόνια, και πιθανότατα μέσα στον 3ο αι, ανοικοδομήθηκε επίμηκες κτήριο, το οποίο σώζει πλήθος αγγείων αποθηκευμένων σε υπόγειο χώρο, υποδεικνύοντας τον εμπορικό χαρακτήρα του κτηρίου. Η ανευρεθείσα κεραμική, η οποία σώζεται σε αφθονία, χρονολογείται έως και τον 6ο αι. Το κτήριο κόβεται από τον αγωγό απορροής των υδάτων από τον νάρθηκα της Βασιλικής. Το πέρας του κτηρίου βρισκόταν πιθανότατα έξω από τον Πύργο Γ στη βόρεια πλευρά της υστερορωμαϊκής οχύρωσης, δεδομένου η ανασκαφή, η οποία έφτασε έως τον πύργο, δεν εντόπισε τη γωνία του κτηρίου.